马先天性和遗传性神经系统疾病
一些先天性缺陷是由父母遗传的，而另一些则是由环境因素引起的。对许多人来说，原因尚不清楚。公鸭出生时神经系统发育良好，出生后不久可能会出现疾病。
神经系统的出生缺陷根据受影响的神经系统的主要区域进行分类：前脑、小脑、脊髓、周围神经和肌肉疾病，或包括多个区域体征的多灶性疾病。许多遗传性疾病是罕见的或特定品种的，或两者兼而有之。下面描述了每个区域的一些更常见的疾病。
前脑疾病
幼年癫痫发生在12个月大的年轻马驹身上，尤其是阿拉伯马驹。小马可能会癫痫发作，导致头部受伤或失明。公鸭无需治疗即可康复，但通常建议在前1至3个月服用抗惊厥药物。
嗜睡症发生在几个马品种中，特别是设得兰矮种马。症状包括过度嗜睡或突然瘫痪，在此期间动物跛行、瘫痪但有意识。动物在其他方面都很健康。在嗜睡症发作期间，会出现快速的眼球运动，同时，动物也可能出现肌肉无力或崩溃。
小脑疾病
小脑疾病通常导致震颤和头部和腿部缺乏协调。
小脑发育不全是指小脑不能完全发育的情况。马的震颤通常不会随着动物的成熟而恶化。患有小脑疾病的动物也会出现脑积水。小脑萎缩最初被认为是马的小脑发育不全。
当小马驹出生后小脑中的细胞开始死亡时，小脑非生物营养物就会发育。这是一种遗传性疾病，几乎只见于阿拉伯小马，症状从出生到9个月大开始出现。遗传方式是隐性的，因此这种疾病的“携带者”不会受到影响，但2个携带者的繁殖有25%的机会产生受影响的小马。症状与严重小脑损伤相似，包括震颤和运动控制不良。小马可能会表现出前腿的夸张动作和宽阔的姿态。随着时间的推移，这些迹象会逐渐恶化。
脊髓疾病
神经轴索营养不良在摩根马中遗传，症状通常在6至12个月大时出现。它偶尔发生在德国马品种Hafflinger中。双腿变得无力，动作可能显得僵硬、笨拙或不协调。现在认为马的神经轴突营养不良与马退行性脊髓性脑病相同。
马退行性脊髓性脑病主要与维生素E缺乏有关，但它可能在阿帕洛萨和其他品种中遗传。脊柱和小脑之间的连接退化，导致所有4条腿的协调性逐渐丧失或瘫痪，早在7个月大的时候就开始了。
颈椎狭窄性脊髓病在年轻、快速生长的马，特别是纯种马中可能有一些遗传基础。田纳西州的步行马和温血动物似乎也有这种倾向。男性比女性更容易受到影响。过量进食是一个重要的促成因素，如果早期诊断，9个月以下的动物的症状可能会逆转。症状是由快速生长过程中出现的畸形或颈部椎骨损伤引起的，通常出现在6个月至3岁之间。诊断包括拍摄x光片或进行其他脊柱检查，以寻找颈椎畸形。治疗通常包括手术来减压这些区域，有时还包括在椎骨中放置植入物来稳定椎骨。复苏的前景是多变的。
阿拉伯小马驹遗传性枕外侧畸形，也可见于小型马的小马驹。症状包括逐渐失去协调性、四条腿部分瘫痪以及颈部伸展站立。受影响的小马驹通常在出生时部分瘫痪，尽管其他神经系统症状可能在几年内不会出现。诊断需要x光片。
脊柱裂常见于大多数物种，通常会导致尾巴和肛门功能障碍、尿失禁，有时还会导致后腿无力。
周围神经和肌肉疾病
高钾性周期性麻痹是四分之一马或四分之一马衍生品种的遗传性疾病。症状通常出现在2至3岁之间，包括肌肉震颤和有时卧倒，这两种症状都可能是由运动引起的。在这些发作期间，血钾水平会升高。诊断包括检测致病基因，并得到针肌电图结果的支持。运动、营养管理和药物治疗可以减轻发作的严重程度和频率，但并不能治愈疾病。
先天性肌强直是一种遗传性疾病，会导致肌肉僵硬，敲击肌肉腹部时明显凹陷，步态僵硬。通过肌电图进行诊断。
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